『海洋科学博物館』の機械水族館部門は博物館の二階にあり、機械水族館（メクアリウム）と呼ばれています。
機械水族館は「海の生き物に学び、海洋開発の未来を考える」をテーマとして1978年に誕生し、1995年には生き物との共存をより強く意識した展示内容でリニューアルオープンしました。
ここには、海の生き物の行動や機能を分析し、そのデータを基にして作り出された機械の動物たち（メカニマル）が展示されています。
海洋動物の行動は、生活する環境に適応していますから、これらの行動や機能を分析して機械で再現することで、海洋開発するのに必要な海洋ロボット製作のヒントが得られるのではないかという考えから、メカニマルは生まれました。
まず最初に、メカニマルが本物の魚と一緒に泳ぐ円柱水槽が目に入ります。この赤く塗られた最初のゾーンでは泳ぐメカニマルが展示されています。正面奥にあるプールでは、時間を決めて泳ぐメカニマルの解説が行われます。
次は自分で操従できるメカニマルが待っている、青のゾーンです。歩くメカニマルの中で方向が変えられるものは、皆さんが操従できるようにセットされ、その他のメカニマルはスイッチを押して動きを見ることができます。このゾーンの途中にメカニマル・ラボと呼ばれるコーナーがあり、スタッフがいる時には、まだ試作段階のメカニマルの説明をしています(黄色の部分)。まだ形になっていない試作品などを見ることができます。
ピンクのつかむゾーンでは、床からニョキッと立ち上がったケースの中につかむメカニマルが入っています。その内の一つには本物の生物がいたり、その後ろのコーナーにはモデルになった生物が展示されています。
考えるメカニマルは、3Dハイビジョンシアターの中にあるステージに登場します(緑色)。ここまでのメカニマルはほとんどが人間にコントロールされていますが、このメカニマルは自分で考えて行動することができます。
21世紀を目前に迎え、『人』と『海』のあり方について、機械の生物と一緒に考えてみましょう。