博士課程前期（２年間）：　毎年、約５〜１０名が本学大学院（海洋学研究科）に進学し、修士（工学）の学位取得をめざして勉強しています。他大学大学院に進学する学生もいます。

他大学の進学先：

北見工業大学大学院　工学研究科

北海道大学大学院　地球環境科学研究科

秋田大学大学院　工学研究科

山形大学大学院　理学研究科

千葉大学大学院　工学研究科

東京海洋大学大学院　海洋科学技術研究科

拓殖大学大学院　工学研究科

岐阜大学大学院　工学研究科

三重大学大学院　生物資源学研究科

九州大学大学院　理学研究科

長崎大学大学院　水産学研究科

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連合大学院（３年間）：毎年数名が連合大学院に進学し、博士（工学）の学位取得をめざして勉強しています。